Villa Johannas on kokku 13 numbrituba, millest 3 on üheinimese, 5 kaheinimese ja 5 kaheinimese rõduga sviiti. 2 numbrituba on spetsiaalselt kohandatud ratastooliga klientide majutamiseks. Kõik ruumid on mõeldud mittesuitsetajatele ja allergikutele. Numbritoad on sisustatud täispuidust mööbliga, mille hulka kuuluvad: riidekapp, kummut, kirjutuslaud ja tugitoolid. Igas toas on SAT-TV ning põrandaküttega WC ja duššinurk, WiFi, seif, külmkapp.